꽃의 다양하고 화려한 색깔을 갖는 것은 꽃잎에 들어 있는 여러가지 색소가 가시광선 중에서 어떤 파장의 빛은 흡수하고 어떤 파장의 빛은 반사하기 때문이다. 잎에 들어 있는 엽록소가 빨간색과 파란색은 흡수하지만 녹색 및 황록색 파장은 대부분 반사 또는 투과시키기 때문에 녹색을 띠는 것과 같은 원리다. 꽃의 색깔에 영향을 주는 색소로는 엽록소 이외에 크산토필 등 카로티노이드계 색소, 안토시아닌 등 플라보노이드계 색소, 베탈레인계 색소 등이 있다.

크산토필류의 색소는 개나리, 애기똥풀 등에서처럼 노란색 꽃을 만들며 한편으로 곤충을 유인해 꽃가루받이를 돕는 성질을 갖는다. 플라보노이드계 색소는 식물에서 200가지 이상 발견되었는데 기본구조에서 약간씩 변형되어 여러가지 다른 파장의 빛을 흡수 또는 반사하므로 다양한 꽃색을 띠게 한다. 이 계통 색소 중에서 안토시아닌은 붉은색, 파란색, 자주색 꽃잎에 흔히 들어 있다. 베탈레인계 색소는 패랭이꽃이 속하는 석죽목(目)에서만 발견되며 꽃의 색깔을 노란색이나 오렌지색으로 만든다. 꽃잎에 있는 여러 색소의 영향으로 가시광선이 흡수되거나 반사되는 양상은 갖가지이며, 그 양상에 따라 다양한 색깔을 띠게 되므로 이론적으로는 꽃잎은 무슨 색이든 모두 표현할 수 있다. 그럼 까만 꽃도 있을까  검은 색을 내려면 가시광선을 전부 흡수하면 되는데 자연계에서 빛의 모든 파장을 흡수하는 색소 또는 그러한 색소의 조합을 갖는 꽃잎은 없기 때문에 검은색 꽃은 없다. 게다가 꽃의 색깔은 오랜 진화의 결과인데, 대부분 식물의 꽃색은 유전적으로 DNA단계에서 이미 결정되어 있다. 꽃가루받이를 도와주는 새나 곤충을 유인할 수 있는 화려한 빛깔 쪽으로 진화했을 것으로 보고 있는데, 이와 역행하여 꽃색이 완전히 검은 색으로 진화한 종은 자연계에는 없다. 우리나라의 식물 중에서 가장 검은 색에 가까운 꽃이 피는 미나리아재비과 요강나물의 꽃색도 완전히 까만 색은 아님은 두말할 나위도 없다. 그럼에도 불구하고 86년 네덜란드의 한 육종전문가의 노력에 의해 흑색 튤립이 탄생했다. 알렉상드르 듀마의 소설 `흑색 튤립’을 실현시킨 것이다. 물론 이것이 인공적인 품종 개발로 이루어진 것이지만 흥미로운 사실임에는 틀림없다. 원예전문가들은 당시 흑색 튤립의 출현을 화초세계에 있어서의 첫 달착륙이라고 여길 정도였다.

우리나라 자생식물은 7월에 가장 많은 종이 꽃을 피우는 것으로 조사되어 있는데, 색깔은 노란색이 32%로 가장 많다. 다음이 흰색과 파란색 계통이 각각 28%, 27%로 비슷하고 빨간색 계통이 그 다음이다.